Elisa Badenes wurde in Valencia, Spanien, geboren. Von 2002 bis 2007 besuchte sie das Conservatorio Profesional de Danza de Valenzia. 2008 gewann sie beim Prix de Lausanne ein Stipendium für die Royal Ballet School, wo sie ein Jahr später ihren Abschluss machte. Außerdem nahm sie 2009 am Youth American Grand Prix teil, wo sie die Goldmedaille in der Kategorie „Senior Women“ und eine Auszeichnung als beste europäische Tänzerin gewann. Im Jahr 2011 nahm sie an dem Wettbewerb um den Erik Bruhn Preis in Toronto, Kanada, teil und gewann mit ihrem Partner Daniel Camargo den Publikumspreis. Sie tanzten dort den Pas de deux aus dem 3. Akt aus Don Quixote (Marius Petipa) sowie den Pas de deux Little Monsters, den Demis Volpi eigens für diese Gelegenheit choreographierte.

In der Spielzeit 2014/15 gewann sie den „Deutschen Tanzpreis Zukunft“. Im Jahr 2020 wurde sie in der Kritikerumfrage der Fachzeitschrift Dance Europe in der Kategorie "Outstanding Performance by a Female Dancer" genannt. In November 2023 wurde sie von der Fachzeitschrift "Dance Europe" als Tänzerin des Jahres ausgezeichnet.

Im Dezember 2023 wurde ihr der Titel Kammertänzerin am Staatstheater Stuttgart verliehen.

In der Spielzeit 2009/10 wurde Elisa Badenes Elevin beim Stuttgarter Ballett. Ins Corps de ballet wurde sie in der Spielzeit 2010/11 aufgenommen, bereits eine Spielzeit später folgte ihre Beförderung zur Halbsolistin. In der Spielzeit 2012/13 wurde sie zur Solistin, erneut eine Spielzeit später folgte die Ernennung zur Ersten Solistin.